31 三 09 CDK，Gasteiger，开源
昨天Gasteiger在我们组呆了一天，流水账就不记了。说说有意思的，先跟他show了show我的jsMolEditor，还不错。后来不知道怎么提到了斯丁贝克（我都说了CDK了，大家也就知道，免得人家Google过来看俺说坏话），G老就说阿，这个斯丁贝克啊，我太了解了，他写的CDK我能列出一堆问题。囧掉，后面我也就没提我的结构检索是用的CDK指纹。后来我放到jsMolEditor的最后一张片，说到Open Source & Open Access的时候。G老又说了，你Open Access就行了，别Open Source，让人家用就行了，别管人家能不能学会你的代码。然后又开始数落了CDK一通。手心都是汗。
G老说阿，你这个不是编辑器吗？我们也有一个。于是就开始给俺Show了，Show着Show着，Show不出来了。这个东西不是他自己写的，还没学会怎么用，囧RZ。本来说今天早上再Show给我的，结果半路被徐博士拐走。。。
然后就是比较G老比较精彩的东西了，从分子模型扯到人体结构。像指纹这些碎片编码阿，就是跟碎尸一样，说不定头跟小腿放一块呢，不靠谱。这个拓扑结构阿，那就是说你手指头跟大腿骨一样粗阿，也不靠谱阿。这个三维结构阿，大概就是像只有骨架的干尸标本。人是有皮的，so分子也要考虑它的表面。然后从二维结构到分子表面一一给出了相似度的比较方法，然后顺便广告时间，你们就不用想怎么去实现了，买我们的软件就行了。
最后就是给我们药学院的学生来了一个关于BioPath的lecture，咋看咋像软件广告会。。。
以上。
Tags: CDK, Open Access, 开源
27 三 09 《操蛋的化学信息学》-化学信息学，一门古老的交叉学科
科学家们说（以下来源于百度百科，实际还是来自G老的《化学信息学教程》）
化学信息学是一个广义性的名词，它将包含化学信息的设计，制造，组织，处理，检索，分析，传播，和使用。
——G.Paris (美国化学会 1999年8月会议)
应用信息技术和信息处理方法已成为药物发现过程中的一个很重要的部分。化学信息学实际上是一种信息源的混合体。它可将数据转换为信息，再由信息转换为知识，从而使我们在药物先导化合物的识别和组织过程的决策变得更有效。
——Brown，Medicinal Chemistry, 1998
用废话来说，所谓的化学信息学就是研究化学信息的学问。
在计算机刚刚被发明的那个时代，计算机的作用主要就是算算弹道啊，算算核弹爆炸啊之类的，真正拿计算机来处理信息，那已经是计算机民用化之后的事情了。在1964年，我们正在忙于阶级斗争的时候，MIT的Cyrus Levinthal已经开始搞出来了右面这么一套玩意了。这个是什么东西呢，这是世界上第一个基于计算机的分子结构模型，在Project MAC提供的强大性能（虽然还不及现在的手机性能强大）的帮助下，这个叫做“晶体球”东西诞生了。它有什么作用呢，似乎只能显示一个蛋白质3D模型。在那个时候，这已经足够引起轰动了，要知道那个所谓的显示器其实是一个示波器。就这么一套显示分子结构模型的系统花掉了美国纳税人2000000美元，然而现在呢，一台随便什么样子的电脑（500美元）再加上Jmol（0美元），都可以做的比晶体球好的多。可惜Cyrus Levinthal并没有活到今天，1990年，他不幸逝世了。在他走之前，留下了一段手稿，详细讲述了当时那段光辉历程。
上面只是一个故事，把它放在这并不是说这就是化学信息学“蛋生”的标志，只是它长得比较像蛋罢了。没法精确的说化学信息学到底是什么时候产生的，一个大概的数字是，上个世纪60年代，分子结构数据库、定量结构与活性关系（QSAR）、分子结构可视化、自动图谱解析、计算机辅助合成设计这些化学信息学的主要研究领域就已经产生了。化学信息学几乎和现代计算机于同一时间开端，所以我说它是一门古老的交叉学科。
现在我们所说化学信息学这个名词，覆盖的范围非常的广，从化学结构的表征到化学数据库，再到分子力学、量子力学，再到化学计量学、化学数据分析，一直到化合物性质预测、反应设计、药物设计，化学信息学这个名词覆盖了化学研究的各个领域。除了化学信息学之外，还有另外一个名词叫做生物信息学。从习惯上来说，一般把小分子的研究归于化学信息学，而对蛋白质、DNA、RNA等的研究则归于生物信息学。实际上，化学信息学和生物信息学之间并没有明确的界限。就拿现在最赚钱的一个领域来说吧，药物的研究，这个领域的研究非常关注小分子和大分子的相互作用，那你说这个应该归于化学信息学还是生物信息学？不知道。于是人们发明了一个词，就叫Bio(Chemo)informatics.
To be continued.
Tags: 化学信息学
上图一张，真不知道说什么好了。。。。
15 三 09 《操蛋的化学信息学》-Coming Soon~
很早以前就有个想法，把我对于化学信息学的理解写出来。国内化学信息学的教科书已经够多了，但是它们实在太操蛋了。不是写的让人看不懂（其实我是说某些人啊，比如Gasteiger的书还是不错的），就是翻译让人看不懂（其实啊，我是觉得梁逸曾老师的学生翻译的还是很有问题的）。
我倒是挺想跟着这些书一起操蛋一下，可是又总有这样那样的借口不去动手（还是怕水平太低了被人骂）。直到把ChemHack的中英文版给分离了，我决定从今天开始（主要是吧，今天去抽风了一圈。），每天一点，没有计划，没有期限，写多少是多少。我会尽我的努力不出现数学公式和符号，尽可能多画一些图（对我这样的懒人有点要命），让这个所谓的《操蛋的化学信息学》更操蛋些。
《操蛋的化学信息学》的目标：
- 绝对不让人一头雾水，绝对不冒充知识分子，尽可能浅显易懂的操蛋中文。
- 绝对不让人读了之后不知道这些东西有什么作用。因此《操蛋的化学信息学》决定以化学信息学基本概念和程序代码两条线进行。代码呢主要要靠CDK了（不好意思这么快我就引入了一个缩写，稍后解释），我假设你能看懂一点C或者Java，但是我不期望你会写代码。
- 我希望读完（但是我不保证我能写完）《操蛋的化学信息学》之后，你能偶尔自己写写程序处理处理数据，要是能自己写写数据库系统之类就更好不过了。
鉴于本人驾驭长篇的能力极差，如有跑题行为，请留言提醒。
鉴于本人虎头蛇尾的能力较强，如有太监行为，请邮件提醒。
Tags: 化学信息学
15 三 09 Mac的文本编辑器图标上写的啥
隐约看到Mac OS X的文本编辑器图标是写有文字的，很好奇上面到底写了些什么。正巧在看一则很久之前Apple的电视广告时，发现了这段文字的来历。
Here’s to the crazy ones. The misfits. The rebels. The troublemakers. The round pegs in the square holes. The ones who see things differently. They’re not fond of rules. And they have no respect for the status quo. You can quote them, disagree with them, glorify or vilify them. About the only thing you can’t do is ignore them. Because they change things. They push the human race forward. And while some may see them as the crazy ones, we see genius. Because the people who are crazy enough to think they can change the world, are the ones who do.
Tags: Apple, Think different
